Straßburger Wurzeln Am 17. Februar 1905 gründeten Mitglieder der seit ihrer Gründung im Jahr 1882 überwiegend reichsdeutsch geprägten KDStV Badenia an der Kaiser-Wilhelm-Universität Straßburg eine Tochterverbindung: die Akademische Verbindung Rappoltstein. Der Name nimmt Bezug auf das angesehene mittelalterliche elsässische Rittergeschlecht der Rappoltsteiner, welches im bayerischen Hause Wittelsbach aufgegangen war.
Übersiedlung nach Köln Nach dem Krieg ging Elsass-Lothringen an Frankreich, und die Straßburger Universität wurde aufgehoben. Die Universität zu Köln, die 1388 als Bürgeruniversität gegründet und 1798 von den französischen Besatzern aufgehoben worden war, wurde im Juni 1919 von Oberbürgermeister
Konrad Adenauer wiedererrichtet. Bereits im Mai hatte sich Rappoltstein als AV Rhein-Rappoltstein in Köln rekonstituiert, ehe die Verbindung 1924 in KDStV Rappoltstein umbenannt wurde. Die Mitgliederzahlen entwickelten sich steil nach oben, so dass 1925 wiederum die Tochterverbindung AV Rheinstein gegründet werden konnte.
Rappoltstein im Nationalsozialismus Ab der Machtübernahme durch die Nationalsozialisten 1933 sah sich Rappoltstein wie alle anderen demokratischen Studentenorganisationen Repressalien durch die Nationalsozialisten ausgesetzt. 1935 wurde das Verbindungshaus in der Kerpener Straße gestürmt, und einige Rappoltsteiner wurden von der Gestapo verhört. Unter dem Druck der Nationalsozialisten wurde der Verbindungsbetrieb
schließlich 1936 eingestellt und 1938 der Altherrenverband aufgelöst.
Wiederaufbau Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde 1946 zunächst zusammen mit der Tochterverbindung Rheinstein der Albertus-Club gegründet. 1951 wurden anlässlich der Fronleichnamsprozession erstmalig wieder die Farben Rappoltsteins in der Öffentlichkeit getragen. 1959 wurde das heutige Verbindungshaus am Karl-Schwering-Platz eingeweiht.
Aufnahme Eckarts 1977 fusionierte der Altherrenverband der VKDSt Eckart mit dem Altherrenverband Rappoltsteins. Eckart war als Erwinia in Straßburg gegründet und nach dem Ersten Weltkrieg ebenfalls in Köln
wiederbegründet worden.
Jüngste Entwicklung Nach der Fusion wurden die klassischen Verbindungsveranstaltungen ergänzt durch die noch heute durchgeführten Forumsveranstaltungen. Seither waren namhafte Referenten zu Gast auf dem Rappoltsteiner Haus, u.a. Johannes Rau, Otto Graf Lambsdorff, Hans-Jürgen Wischnewski, Ignaz Bubis, Philipp Freiherr von Boeselager und Ferdinand Kirchhof. Im Jahre 2005 wurde mit rund 800 Gästen im Kölner Gürzenich der Kommers zum 100. Stiftungsfest begangen. Eine detaillierte Verbindungsgeschichte ist in der umfangreichen von AH Friedrich J. Ortwein herausgegebenen Chronik der Verbindung nachzulesen.